از سال ۱۳۶۹ شمسی، درس خارج امام خامنهای آغاز شده و تا كنون ادامه دارد. جهاد، موسیقی، غیبت، قصاص و... از مباحثی است كه تا كنون در درس خارج ایشان تدریس شده است. دكتر محسن اسماعیلی، رئیس دانشكدهی معارف اسلامی و حقوق دانشگاه امام صادق علیهالسلام در نخستین دورهی درس خارج فقه حضرت امام خامنهای حضور داشته است.