اکبر گنجی با انتشار مقاله‌ای ضمن تعریف و تمجید از محمدعلی باب (مؤسس فرقه ضاله بهائیت) به اتهام‌زنی به فقهای شیعه پرداخت و مدعی شد: «محمدعلی باب هر ادعایی داشت، مجازاتش چوب زدن نبود.»وی ضمن حمایت از مدعیان دروغین مهدویت گفت: «جمهوری اسلامی باید به‌جای زندانی کردن مدعیان امام زمان بودن، به آن‌ها فرصت دهد تا از ادعای خود به طور معقول دفاع کنند.»

گنجی همچنین به حمایت از مدعیان نبوت پرداخت و گفت: «انسان‌ها حق دارند مدعی نبوت شوند و تا زمانی که آن‌ها برای پیام‌رسانی به خشونت متوسل نشوند، هیچ‌کس مجاز نیست که مانع کار آن‌ها شود یا مجازاتشان کند. «وی ضمن تبلیغ افکار وهابیت در انکار مبانی دینی زیارت ائمه(علیهم‌السلام) مدعی شد زیارت ائمه معصومین(علیهم‌السلام) و ایجاد بارگاه برای ایشان از اختراعات دوره غزنویان و سلجوقیان بوده است!»

وی پیش از این نیز با نوشتن مقاله‌ای، به حمایت از عملکرد «تری جونز» کشیش افراطی آمریکایی که با اهانت به قرآن کریم سعی داشت شهرتی برای خود کسب کند، پرداخته بود. این حامی موسوی پیش از این هم گفته بود که «قرآن، متنی است که بعدها به وسیله مسلمان‌ها، از ترکیب چند گفتمان مختلف، ساخته شده است»!