در خصوص تأثیر اجرای فاز دوم هدفمندی یارانه‌ها بر تورم باید گفت، تورم ناشی از اصلاح قیمت حامل‌های انرژی به طور مستقیم در زندگی مردم تأثیر دارد. از جمله آثار افزایش قیمت حامل‌های انرژی که در دوره اول نمود پیدا کرد قیمت ارز است؛ یعنی افزایش قیمت حامل‌های انرژی به قیمت ارز تسری پیدا می‌کند و از این طریق ارزش پول ملی کاهش می‌یابد که این هزینه‌های بسیار سنگینی را بر اقتصاد کشور وارد می‌‌کند. اثر بعدی هزینه‌های شدید بر بخش تولید است؛ در حال حاضر بسیاری از تولیدکنندگان که مشکل نقدینگی دارند مشکلات آنها را مضاعف خواهد کرد. یکی دیگر از مشکلاتی که ممکن است با افزایش قیمت حامل‌های انرژی رخ دهد رشد سفته‌بازی و دلالی و فرار از فعالیت‌های مولد است که در مرحله اول هدفمندی یارانه‌ها هم خود را نشان داد؛ به تعبیر دیگر فعالیت‌های اقتصادی نامولد رشد پیدا خواهند کرد. به این معنا که خیلی‌ها وارد فعالیت‌های مالی، واسطه‌گری و خرید و فروش سکه و ارز می‌شوند که اینها مولد نیستند و در عین حال که سودهای بزرگی را به عاملان این امور می‌رساند که این سودها هم انعکاسی از تورم به وجودآمده در جامعه است. علاوه بر موارد مذکور، به شکاف طبقاتی، افزایش نابرابری‌ها و .. منجر خواهد شد. با این حال برخی از کارشناسان اثر تورمی افزایش قیمت بنزین در قیمت کالاهای اساسی را 20 درصد می‌دانند