رهبر معظم انقلاب ۱۷اسفندماه ۱۳۹۰ دستور تشکیل شورای عالی فضای مجازی به ریاست رئیس‌جمهور را صادر و همچنین اعضای حقوقی و حقیقی این شورا را تعیین کردند.

این شورا وظیفه دارد مرکزی به نام مرکز ملّی فضای مجازی کشور ایجاد نماید تا اشراف کامل و به روز نسبت به فضای مجازی در سطح داخلی و جهانی و تصمیم‌گیری نسبت به نحوه مواجهه فعال و خردمندانه کشور با این موضوع از حیث سخت‌افزاری، نرم افزاری و محتوایی در چهارچوب مصوبات شورای عالی و نظارت بر اجرای دقیق تصمیم‌ها در همه سطوح تحقق یابد.

در حکم مقام معظم رهبری دو ماموریت اصلی برای شورای عالی فضای مجازی مذکور تعیین شده است:

1- لزوم سرمایه‌گذاری وسیع و هدفمند برای بهره‌گیری حداکثری از فرصت‌های ناشی از فضای مجازی در راستای پیشرفت همه‌جانبه کشور و ارائه خدمات گسترده و مفید به اقشار گوناگون مردم؛

2- ضرورت برنامه‌ریزی و هماهنگی مستمر به‌منظور صیانت از آسیب‌های ناشی از فضای مجازی.

با روی کار آمدن دولت یازدهم جلسه شورای عالی فضای مجازی به ریاست حسن روحانی پس از 9 ماه وقفه در آبان‌ماه 92 برگزار شد. با تشکیل این جلسه و انتصاب محمود واعظی به عنوان سرپرست دبیرخانه این شورا از سوی رئیس جمهور، کارشناسان تعامل سازنده این شورا با وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات را پیش‌بینی کرده بودند.

 تصویب کلیات شبکه ملی اطلاعات را شاید بتوان مهم‌ترین موضوعی عنوان کرد که طی چند جلسه شورای عالی فضای مجازی به ریاست حسن روحانی به سرانجام رسیده است.

دکتر روحانی در بهمن 92 محمدحسن انتظاری را به عنوان دبیر این شورا منصوب کرد. اما تداوم برگزاری جلسات شورای عالی فضای مجازی دوام نیاورد. به نظر می‌رسد علت تعطیلی چند ماهه جلسات شورا در دولت یازدهم پرحاشیه شدن جلسه اردیبهشت‌ماه 93 است که طی آن حسن روحانی، به عنوان رییس شورا تأکید داشت تمام مصوبات شورا و کارگروه‌های زیرمجموعه از جمله کارگروه تعیین مصادیق محتوای مجرمانه بایستی به تأیید رییس شورا برسد. این موضوع با واکنش برخی اعضا مواجه شد و یکی از اعضا نیز با اشاره به ماده هفت آیین‌نامه داخلی شورای عالی فضای مجازی کشور یادآور شد که رییس شورای عالی فضای مجازی مانند سایر اعضا یک رأی دارد.

دبیرخانه شورای عالی فضای مجازی اهمال وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات در عدم ارسال پیوست فرهنگی سرویس‌های ارتباطی و نیز برنامه زمان‌بندی برای اجرای شبکه ملی اطلاعات را از جمله دلایل این تأخیر چندماهه جلسات شورا عنوان کرده است.

به نظر می‌رسد دولت یازدهم نیز مانند دولت دهم آن طور که باید اهمیت این شورا و تصمیم‌های اتخاذ شده در آن را درک نکرده و با دیده اهمال به آن می‌نگرد.

بعد از ایجاد شورای عالی فضای مجازی انتظاراتی ایجاد شد که این شورا زمینه را برای استفاده بهینه نخبگان کشور از فضای مجازی فراهم آورده و تمامی واحدهای مربوط به این موضوع، برای جلوگیری از تصمیم‌های پراکنده، زیر نظر این شورا فعالیت نمایند.

این در شرایطی است که با به وجود آمدن مجموعه‌های موازی در دولت، شورای عالی فضای مجازی عملاً کارایی اصلی خود را از دست داده است و در حالی که جلسات شورای عالی فضای مجازی به صورت مرتب برگزار نمی‌شود برخی مجموعه‌های موازی با این شورا از جمله شورای عالی فناوری اطلاعات - کمیسیون فاوا - شورای عالی اطلاع رسانی دولت - ستاد فناوری اطلاعات زیرمجموعه معاونت علمی ریاست جمهوری - سازمان تنظیم مقررات و ارتباطات رادیویی و... در درون دولت فعال هستند و فعالیت گسترده آنها سبب شده تا کارآیی شورای عالی فضای مجازی از بین رود.