حسن روحانی بلافاصله بعد از پیروزی در انتخابات ریاست جمهوری به دیدار مراجع تقلید رفت و با حضرات آیات عظام؛ شبیری زنجانی، مکارم شیرازی، صافی گلپایگانی، جعفر سبحانی، موسوی اردبیلی و نوری همدانی دیدار کرد.

بعد از چندی، ظریف به قم رفت تا گزارشی از مذاکرات ژنو را به مراجع تقلید ارائه کند. ظریف در این سفر با حضرات آیات: وحید خراسانی، صافی گلپایگانی، مکارم شیرازی، جوادی آملی، موسوی اردبیلی، نوری همدانی و سبحانی دیدار و گفتگو کرد. بعد از مدتی جهانگیری هم به قم رفت و با یوسف صانعی هم دیدار کرد که این دیدار اعتراض برخی از گروه‌ها را برانگیخت.

پس از آن نیز برخی دیگر از وزرا به دیدار مراجع تقلید رفتند، به‌ویژه وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت یازدهم در آبان‌ماه 1393در سفر به قم با حضرات آیات و علمای قم از جمله محمد‌علی گرامی، ابراهیم امینی، جوادی‌آملی، محمدجواد فاضل لنکرانی، سیدمحمد سعیدی، وحید خراسانی و حسینی بوشهری دیدار و گفتگو کرد. در دیدار وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی با علما و مراجع تقلید قم موضوعاتی همچون لزوم ارتباط متولیان فرهنگی با علما و مراجع، صدور مجوز انتشار کتاب‌های دینی با محوریت قم و لزوم بهره‌گیری از هنر هنرمندان در راستای ترویج معارف دین عنوان شد.

وزیر کشور دولت یازدهم نیز در سفر خود به قم و پس از سخنرانی در جمع ائمه جمعه و جماعات، طلاب و نخبگان، با آیت الله حسینی بوشهری، مدیر حوزه‌های علمیه کشور دیدار و گفتگو کردو گفت: در یک سال گذشته در عین وجود فشارهای داخلی و خارجی، دولت توانست جمهوری اسلامی ایران را از انزوا خارج کرده و از حقوق خود در عرصه بین‌المللی دفاع کند.

وی در ادامه به دغدغه مقام معظم رهبری، مراجع تقلید و حوزویان در عرصه فرهنگ اشاره کرد و افزود: اگر ما فرهنگ را در عفاف و حجاب خلاصه کنیم، کوچک کردن مهم‌ترین مسأله در جامعه است. فرهنگ تمامی احوالات و ارزش‌های دینی و رفتاری در جامعه است؛ بنابراین هرچه ارزش‌های دینی و انقلابی را تضعیف سازد، در اصل فرهنگ جامعه را تضعیف کرده است.

همچنین به دنبال انتصاب موسی‌پور به عنوان اولین استاندار روحانی از سوی احمدی‌نژاد که توانسته بود نظر مراجع تقلید را جلب کند دکتر حسن روحانی نیز محمدصالح صادقی‌منش را به عنوان استاندار قم منصوب کرد. صالحی‌منش نیز تا کنون ارتباط خوبی با مراجع تقلید و علما داشته است و این مسأله برای مراجع و علما نیز خوشایند است.

اصولاً دو حوزه سیاست خارجی و فرهنگ مهم‌ترین حوزه چالش‌های علما و مراجع تقلید با دولت است. دولت در زمینه سیاست خارجی می‌گوید حتی همه مسائل جزئی مذاکرات را به رهبری ارائه می‌دهد، موضعگیری‌های رهبر معظم انقلاب در زمینه مذاکرات و سیاست خارجی توانسته است این حوزه از روابط را از چالش‌های جدی دور کند.

حوزه فرهنگ چالشی‌ترین بخش از ارتباط دولت با علما و مراجع تقلید است چه آنکه اعتراضاتی نیز در این زمینه وجود داشته است. به طور مثال در بحث مقالات توهین‌آمیز بعضی از نشریات و اقدامات نامناسب فرهنگی، اعتراض برخی از علما جدی بوده است. همچنین در زمینه نشر کتاب و حجاب نیز دغدغه‌هایی وجود دارد.

نکته دیگر اینکه برخلاف دولت احمدی‌نژاد مشاور امور روحانیت از طرف حسن روحانی نصب نشده است که انتخاب یک روحانی موجه و دارای ارتباطات حوزوی در این زمینه می‌تواند بسیار مؤثر باشد.

شایان ذکر است اگرچه برخی از مراجع تقلید از پذیرش وزیر وقت علوم در دولت یازدهم امتناع کردند، اما به نظر می‌رسد در مجموع، ارتباط دولت روحانی با مراجع تقلید در حد نسبتاً مناسبی بوده است و فارغ از عدم انتصاب مشاور امور روحانیت از طرف حسن روحانی، دیدارها و ارتباطات خوبی با علما و مراجع تقلید قم برقرار شده است.