اظهارنظرهای قومیتی وی، نظراتی درباره شیر و خورشید، اصحاب فتنه و... به‌تنهایی توانستند تا چندین روز حاشیه‌هایی را برای دولت به‌وجود بیاورند. در این میان به‌تازگی نیز وی در مصاحبه با روزنامه عرب زبان «الشرق الوسط» گفته است: «در حال حاضر عراق نه فقط حوزه تمدنی نفوذ ماست، بلکه هویت، فرهنگ، مرکز و پایتخت ماست و این مسئله هم برای امروز است و هم گذشته. چرا که جغرافیای ایران و عراق غیرقابل تجزیه است و فرهنگ ما غیرقابل تفکیک است. پس ما یا باید با هم بجنگیم و یا یکی شویم.»

سخنان نسنجیده یونسی چنان بازتاب داشت که وزیر امور خارجه عراق را به واکنش وا داشت؛ به‌طوری که ابراهیم جعفری در پاسخ به سخنان یونسی گفته است: «عراق دارای حاکمیت کامل است و به هیچ طرفی چه ایران و چه غیر از آن اجازه نداده و نخواهد داد که این حاکمیت را نقض یا در امور داخلی این کشور دخالت کند.» همچنین وزارت خارجه امروز با انتشار بیانیه‌ای که وبگاه خبری «السومریه» آن را منتشر کرد، به این اظهارات واکنش نشان داد و از آن ابراز انزجار کرد. در این بیانیه آمده است: «وزارت امور خارجه عراق تعجب خود را از سخنان منسوب به شیخ‌علی یونسی، مشاور رئیس‌جمهوری ایران در امور اقلیت‌ها، اعلام می‌کند»!