احمد توکلی، در پی معرفی احمدی آشتیانی به مجلس به‌عنوان فرد پیشنهادی برای وزارت علوم، نامه‌ای خطاب به رئیس‌جمهور نوشته که در آن آمده است که ماجرای انتخاب وزیر علوم به شکلی پیش می‌رود که برای پیشرفت علمی و اوضاع کشور خسارت‌بار است. نماینده مردم تهران در مجلس، در بخش دیگری از نامه با اشاره به این موضوع که اکثریت مجلس به اصلاح‌‌طلب بودن یا نبودن حساس نیستند، بلکه به صلاحیت و مقاومت بر خط امام (رحمه‌الله علیه) در دفاع از اصل نظام جمهوری اسلامی حساس هستند، می‌نویسد: اگر اختلاف ادامه یابد، زیان‌های زیادی تشدید می‌شود. از جمله چنین تلقی می‌شود که برخی در دولت با تکرار مشکل معرفی و عدم قبول می‌خواهند به جوانان این پیام را بدهند که مجلس با دانشگاه و دانشگاهیان نظر مساعد ندارد و تحمیل فضای خاصی را تعقیب می‌‌کند تا از این گل‌آلود کردن بین مجلس اصول‌گرا و جوانان تحصیل‌کرده، ماهی انتخاباتی بگیرند. این توهم یا تصور به نفع شما هم نیست؛ چرا که مردم در این میانه غایبند و دیده نمی‌شوند، بلکه تصور دعوا بر سر لحاف ملا تقویت می‌‌شود که پشتیبانی مردمی را از هر دو دسته کاهش می‌‌دهد.