این مرکز در دولت سازندگی زیر نظر ریاست‌جمهوری فعالیت می‌کرد؛ اما مقارن با پایان ریاست‌جمهوری هاشمی رفسنجانی، وی ترجیح داد مرکز تحقیقات استراتژیک را همراه خود کرده، به مجمع تشخیص مصلحت نظام الحاق کند. موسوی‌خوئینی‌ها اولین رئیس این مرکز بود و سپس - تا انتخابات ریاست‌جمهوری اخیر- حسن روحانی این مرکز را اداره می‌کرد. به‌دنبال انتخاب دکتر روحانی به ریاست‌جمهوری، مذاکراتی از سوی هاشمی با آیت‌الله امینی، امام‌جمعه قم و ناطق‌نوری، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام، صورت گرفت که بنابر اعلام علیخانی(از مشاوران هاشمی) به نتیجه نرسید.