پایگاه اینترنتی «گویانیوز» متعلق به سازمان جاسوسی سیا، در مقاله‌ای درباره دولت خاتمی نوشت: «دوران هشت‌ساله رياست‌جمهوری محمد خاتمی، فشار و آزار شهروندان بهائی به حداقل ميزان خود طی سی‌واندی سال که از تأسيس نظام اسلامی در ايران می‌گذشت، رسيد... اين دوران به‌دليل اعمال کمترين فشار‌ها به شهروندان بهائی از سوی حکومت، دارای کمترين ميزان مهاجرت شهروندان بهائی از ايران بود به‌خصوص آنکه در آخرين سال رياست‌جمهوری محمد خاتمی، برای اولين‌بار اعلام شد همه ايرانيان حق شرکت در کنکور سراسری دانشگاه‌ها را دارند و گزينه مذهب در فرم ثبت‌نام کنکور –که اشاره به درس تعليمات دينی‌ای دارد که داوطلب برای امتحان برمی‌گزيند – حذف شده بود.»

گفتنی است عناصر فرقه ضاله بهائیت در دولت تساهل‌گراي محمد خاتمي توانستند به مراكز علمي و دانشگاهي نفوذ يابند و با پشتيباني شبكه‌اي به‌سرعت در برخي از تشكل‌هاي دانشجویي از جمله دفتر تحكيم وحدت (اتحاديه انجمن‌هاي اسلامي دانشجويان؛ طيف علامه) و جبهه دموکراتیک ایران (اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویی؛ طیف حشمت‌الله طبرزدی) نفوذ کنند تا بتوانند با هویت دانشجو به نظام مقدس جمهوري اسلامي فحاشي كنند. تشکیل ان‌جي‌اوهای متعدد با عناوین و اساس‌نامه‌های گوناگون، راه‌اندازی مراكز فرهنگي – هنري و به‌ويژه موسيقي و نيز راه‌اندازي مهدكودك با حمایت دولت اصلاحات از سوی بهائیان اتفاق افتاد.