امام خامنه‌ای(مدظله‌العالی) در دیدار ائمه‌جمعه سراسر کشور درباره وظیفه حکومت در قبال دین و اعتقادات مردم فرمودند: «برخلاف تصور برخی افراد، حکومت فقط وظیفه تأمین رفاه و آزادی و استقلال سیاسی مردم را ندارد؛ بلکه حکومت در قبال دین و اعتقادات مردم نیز وظیفه دارد.» یکی از چالش‌های اصلی بخشی از روشنفکری دینی پس از انقلاب با جمهوری اسلامی ایران همین مسئله بود. آن‌ها معتقد بودند و هستند که حکومت دینی ضامن بهشت و جهنم مردم نیست. نگاه آن‌ها در این‌باره نگاهی کاملاً سکولاریستی است؛ یعنی معتقدند در نظام اسلامی نیز مانند جوامع سکولار باید دین در حاشیه و جزو ویژگی‌های شخصی افراد باشد. چنین درخواست و ادعایی درباره حکومت‌های غیردینی صدق می‌کند، همان‌گونه که نمونه‌های آن در بسیاری از نقاط دنیا مشاهده می‌شود؛ اما به‌هیچ‌وجه راهی در حکومت دینی ندارد؛ زیرا حکومت دینی، حکومتی است که قوانین آن از آموزه‌های دینی اخذ و اقتباس شده و پس از آن، در شریان‌های جامعه جریان می‌یابد و چنانچه شهروندان از سر صدق با آن برخورد کنند، رستگار می‌شوند و چنانچه صرف قانون بودن و در ظاهر، نه در خفا به آن گردن نهند، جامعه از ظواهر جوامع غیردینی پاک و مبرا می‌ماند. اساساً درخواست از حکومت دینی برای خنثی بودن در برابر دین و اعتقادات مردم، درخواستی نامعقول و متناقض با ذات و فلسفه استقرار حکومت دینی است. در قضیه حکومت دینی، مسئول بودن حکومت در برابر دین و اعتقادات مردم، مفروغ‌عنه است و آنچه که باید بدان پرداخته شود، این است که دین برای پدیده‌های نوظهور که بخشی از آن، باعث ادعاهای ناهمسوی روشنفکران با دین می‌شود - از جمله موضوعی که به آن اشاره شد - چه نسخه‌ای را تجویز می‌کند. همزمانی صدور نسخه‌های دینی با ظهور و بروز این پدیده‌ها، خلأهای احتمالی را که موجب سوءاستفاده و ایجاد روند انحرافی می‌شود، پر می‌کند و کشش‌های هیجانی و احساسی را مهار و تا حد زیادی عقلانی و منطقی می‌سازد.